Lê Chiêu Thống lên ngôi trong bối cảnh chúa Trịnh vừa bị diệt, muốn lấy lại quyền hành về tay, nhưng liên tiếp bị các tướng áp chế để lập lại họ Trịnh. Lê Chiêu Thống triệu Nguyễn Hữu Chỉnh về đánh trừ được họ Trịnh thì lại đến lượt Nguyễn Hữu Chỉnh lộng hành.

Lúc đó Tây Sơn không còn ở Bắc Hà nhưng vẫn giữ đất Nghệ An, mà cương thổ cũ của Đàng Ngoài là tới sông Gianh thuộc Bắc Bố Chính (Quảng Bình). Vua Lê Chiêu Thống tuy không thích việc Nguyễn Hữu Chỉnh chuyên quyền nhưng lại đồng thuận với ông ta trên 2 điểm[15][16]:

• Không muốn sự quay lại của họ Trịnh.
• Không muốn chịu ảnh hưởng của Tây Sơn và không bằng lòng việc mất Nghệ An cho Tây Sơn.

Do đó, Lê Chiêu Thống đồng tình với Nguyễn Hữu Chỉnh trong việc cử Trần Công Xán vào Phú Xuân đòi Nguyễn Huệ đất Nghệ An. Nguyễn Huệ không bằng lòng "trả" Nghệ An, điều thêm quân ra Nghệ An cho Vũ Văn Nhậm để chuẩn bị đánh ra Bắc. Trong khi đó tình hình Bắc Hà vẫn rối ren, Nguyễn Hữu Chỉnh vẫn phải lo đánh dẹp các lực lượng thân họ Trịnh.

Tháng 11 năm 1787, Nguyễn Huệ sai Ngô Văn Sở hợp sức với Vũ Văn Nhậm mang quân ra Bắc. Nguyễn Hữu Chỉnh mang quân ra đánh bị thua to. Tháng 12 năm 1787, Vũ Văn Nhậm tiến vào Thăng Long, Lê Chiêu Thống cùng Chỉnh chạy sang Bắc Giang, đóng ở Mục Sơn. Chỉnh bị quân Tây Sơn đuổi kịp, bắt được và giết chết.

Vũ Văn Nhậm tiến quân đi đánh tan các lực lượng phò Lê rồi sai người đi mời vua Lê về kinh. Vua Lê không thuận, vẫn hô hào quân các trấn Bắc Hà cần vương chống Tây Sơn. Bắc Hà rối loạn, các lực lượng thân vua Lê, thân họ Trịnh cũ và quân đội Tây Sơn đánh lẫn nhau.

Trong lúc tướng Tây Sơn là Phạm Văn Tham đang cầm cự với quân Nguyễn Ánh ở Nam Bộ, Vũ Văn Nhậm lại chuyên quyền có ý chống lại Nguyễn Huệ ở Thăng Long. Tháng 4 năm 1788, Nguyễn Huệ ra Bắc lần thứ hai, giết chết Vũ Văn Nhậm. Nguyễn Huệ bèn dựng hoàng thân Lê Duy Cận làm giám quốc, sai Ngô Văn Sở cầm quân giữ Thăng Long và tháng 5 năm 1788 trở về Phú Xuân để chuẩn bị Nam tiến đánh Nguyễn Ánh theo thỉnh cầu của vua anh Nguyễn Nhạc.